Handlung:
Nach dem Tod des Staatsanwalts Harvey Dent alias Two-Face nahm Batman die Schuld von dessen Verbrechen auf sich, um Dents Ruf zu schützen. Er wurde vom Gotham City Police Department gejagt und zog sich daher als Privatmensch Bruce Wayne auf sein wiedererrichtetes Anwesen Wayne Manor zurück.
Die Handlung des Films setzt acht Jahre später ein. Bane ist ein berüchtigter Söldner und Terrorist. Er leidet aufgrund einer früheren Verletzung unter ständigen Schmerzen und trägt eine Maske, die ihn mit der Droge Venom, einem Gas gegen den Schmerz, versorgt. Bei einer CIA-Operation in Usbekistan inszeniert Bane einen Flugzeugabsturz, bei dem alle Beteiligten ums Leben kommen, ausgenommen er selbst und der Atomphysiker Dr. Leonid Pavel, welchen Bane zur Fertigung einer Atombombe braucht. Bane holt sich damit Pavel aus der Obhut der CIA zurück und sorgt gleichzeitig dafür, dass er für tot gehalten wird. Hierfür ließ er im Flugzeug noch eine Bluttransfusion von Pavel in einen Leichnam vornehmen.
Der merklich gealterte und körperlich versehrte Bruce Wayne meidet jede Gesellschaft, als während des Banketts in Wayne Manor am Harvey-Dent-Gedenktag die Diebin Selina Kyle, getarnt als Hausangestellte, in seine Privatgemächer eindringt, die Perlenkette von Waynes Mutter stiehlt und dabei auch Waynes Fingerabdrücke von der Safetüre nimmt. Es gelingt ihr mit Leichtigkeit, Wayne daran zu hindern, sie aufzuhalten. Kyle übergibt die Fingerabdrücke einem Unterhändler von Bane. Als dieser die Fingerabdrücke hat, versucht er, sie zu erschießen. Doch Kyle hat mit dieser Situation gerechnet. Sie lässt den Unterhändler das Mobiltelefon eines von ihr entführten Abgeordneten benutzen, nach dem die Polizei nun intensiv fahndet. Kurze Zeit später stürmt die Polizei den Ort des Treffens und Selina Kyle kann in dem Getümmel entkommen. Die Polizisten verfolgen Banes Männer in die Abwasserkanäle der Stadt, wo dieser versucht, Polizei-Commissioner Jim Gordon zu töten. Dieser kann sich im letzten Moment in einen reißenden Abwasserkanal stürzen und somit entkommen. Zuvor nimmt ihm Bane noch ein Schriftstück ab: Eine von Gordon vorbereitete und der Öffentlichkeit unbekannte Rede, in der die Wahrheit über Harvey Dent steht.
Gordon wird von dem jungen Polizisten John Blake gefunden und gerettet. Gordon spricht davon, dass Bane unter der Stadt Vorbereitungen für eine Offensive treffe. Blake, der Batmans Identität herausgefunden hat, will Wayne daraufhin dazu bringen, wieder als der Beschützer der Stadt aktiv zu werden. Dies und Selina Kyles Einbruch bringen Wayne dazu, sich wieder in die Öffentlichkeit zu begeben. Er muss feststellen, dass sein Unternehmen große Verluste gemacht hat, da es in die Entwicklung eines Fusionsreaktors, basierend auf den Plänen des Vorstandsmitgliedes Miranda Tate, investiert hat. Als jedoch bekannt wurde, dass dieser so manipuliert werden könne, dass daraus eine Atombombe entstünde, wurde das Projekt aufgegeben.
Bane veranstaltet einen Überfall auf die Börse von Gotham City und stellt mithilfe der Fingerabdrücke von Bruce Wayne Wertpapierorder ein, die das gesamte Kapital des Wayne-Imperiums vernichten. Wayne vermutet korrekt, dass sein Geschäftsrivale John Daggett Bane engagiert hat, um die Firma zu übernehmen, und legt die Leitung seiner Firma deshalb in die Hände von Tate.
Er lässt sich von Kyle zu Bane führen, der ihn in einem direkten Kampf besiegt, an dessen Ende er ihm beinahe das Rückgrat bricht und als weitere Demütigung den Standort seines Verstecks in der Kanalisation offenbart: direkt unter der Abteilung für angewandte Wissenschaften von Wayne Enterprises. Hierzu sprengt er den Boden zu dem verborgenen Ort, Banes Söldner steigen hinauf und entwenden einiges Kriegsgerät aus dem Fundus. Bane lässt Bruce Wayne in einem ausländischen unterirdischen Gefängnis festsetzen. Von diesem Ort aus soll er den Untergang von Gotham im Fernsehen mitverfolgen.
Bane entführt drei Vorstandsmitglieder von Wayne Enterprises und verschleppt sie in die Kanalisation. Er braucht sie, um den Fusionsreaktor zu aktivieren. Den Kern des Reaktors baut Dr. Leonid Pavel zu einer Vier-Megatonnen-Atombombe um, welche mittels Fernzündung ausgelöst werden kann, aber auch gleichzeitig aufgrund des Kernzerfalls eine Zeitbombe ist. Unter dem Vorwand einer Notfallübung stürmen beinahe alle Polizisten der Stadt, ungefähr dreitausend Männer, in die Kanalisation. Bane hat im Vorfeld im gesamten Untergrund der Stadt Sprengstoff installiert. John Daggett hat hierfür seine Bautrupps von Daggett Industries zur Verfügung gestellt. Der Sprengstoff wird gezündet, die Zugänge werden verschüttet, und die Polizisten sind in der Kanalisation gefangen. Alle Brücken, die aus der Stadt hinaus führen, ausgenommen eine, werden ebenfalls gesprengt und sind somit unpassierbar.
Bane verkündet von einem Footballstadion aus den Bürgern von Gotham City, dass sie nun selbst die Macht über die Stadt haben und sich zurückholen sollen, was ihnen zusteht. Er lässt die Atombombe ins Stadion bringen und tötet vor den Augen der Zuschauer Dr. Pavel, welcher als Einziger die Bombe hätte deaktivieren können. Bane platziert die Atombombe in einem von drei Lastkraftwagen, welche ununterbrochen in der Stadt fahren, damit die Bombe nicht geortet werden kann und beginnt mit der scheinbaren Gründung einer revolutionären Bürgerbewegung die Kontrolle über die Stadt zu übernehmen. Vor dem Gefängnis Blackgate liest Bane vor laufenden Fernsehkameras Gordons Rede vor und enttarnt Harvey Dent als Mörder. Anschließend lässt Bane das Gefängnis stürmen und die, aufgrund des Dent-Gesetzes, inhaftierten eintausend Schwerverbrecher bewaffnen und sich seiner Untergrundarmee anschließen. Drei Monate lang beherrscht Bane Gotham City mit seiner Armee als Diktator. Die ehemals Reichen und Mächtigen Gothams werden aus ihren Villen und Wohnungen gezerrt und vor ein Standgericht gestellt, dem Jonathan Crane alias Scarecrow vorsitzt. Dort werden sie zum Tod verurteilt oder ins Exil geschickt – in beiden Fällen müssen sie auf brüchiges Eis des Stadtflusses ins Exil gehen, wo sie letztlich den Tod finden.
In dieser Zeit versucht Bruce Wayne zu seiner früheren Form zurückzugelangen und aus der Gefangenschaft zu entfliehen. Ein Mitgefangener erzählt ihm von einer Legende, nach der ein Soldat im Dienste eines Warlords heimlich dessen Tochter heiratete. Dieser erfuhr jedoch davon und warf den Soldaten in das unterirdische Gefängnis. Kurze Zeit darauf wurde er frei gelassen, erfuhr aber den Preis dafür: seine Frau hatte sich aus Liebe für ihn eingesetzt und nahm seinen Platz im Gefängnis ein. Dort gebar sie ein Kind, welches in der Dunkelheit des Gefängnisses aufwuchs. In einer Vision erscheint Wayne einige Tage später Ra’s al Ghul und es wird klar, dass dieser der Soldat aus der Legende ist. Wayne schlussfolgert daraus, dass Bane dessen Sohn sei.
Nach langem körperlichen Trainieren und nach mehreren gescheiterten Versuchen, durch den Schacht des unterirdischen Gefängnisses nach draußen zu kommen, gelingt es Bruce Wayne schließlich. Als Batman stellt er sich zusammen mit der moralisch ambivalenten Catwoman alias Selina Kyle und der Polizei gegen Bane und seine Komplizen. Batman besiegt Bane im Zweikampf. Schließlich schlägt er ihm einige Male mit voller Kraft auf die Maske, wobei diese Schaden nimmt und Banes permanente Schmerzen nicht mehr unterdrückt. Bane kauert kraftlos am Boden. Batman schlägt ihm erneut ins Gesicht und fordert ihn auf, die Person zu nennen, die den Zünder der Bombe trägt. Dabei nähert sich Miranda Tate und sticht Batman von hinten ein Messer in die Rippen. Sie enthüllt, dass sie Ra’s al Ghuls Tochter Talia ist und Bane ihr Verbündeter. Sie war das Kind, das mit Banes Hilfe aus dem unterirdischen Kerker fliehen konnte. Als Anführerin der Gesellschaft der Schatten plant sie, die Arbeit ihres Vaters zu vollenden und Gotham zu zerstören und offenbart Batman, dass sie der Bürger mit dem Fernzünder ist. Sie steckt die losen Schläuche zurück in Banes Maske, worauf dieser wieder zu Kräften kommt. Anschließend zündet sie die Bombe, was allerdings misslingt, da Gordon in der Zwischenzeit einen Störsender bei der Bombe platzieren konnte, welcher das Signal blockiert. Bevor sie mit einem von Wayne Enterprises entwendeten Tumbler, einem gepanzerten Fahrzeug, von dessen Bauart Batman vormals eines als Batmobil nutzte, flieht, befiehlt sie Bane, Batman nicht zu töten, sodass dieser mitansehen muss, wie Gotham zerstört wird. Bane missachtet jedoch den Befehl und will Batman gerade erschießen, als unerwartet Catwoman auftaucht und mit dem Batpod auf Bane schießt. Dieser wird durch die Luft geschleudert und bleibt regungslos am Boden liegen.
Der gepanzerte Lastkraftwagen, in dem die Bombe sich befindet, wird von Batmans Batwing, das The Bat genannt wird, unter Feuer genommen. In weiterer Folge kommt der Lastkraftwagen von seiner geplanten Route ab und stürzt durch ein Loch in der Straße in den Untergrund. Bei dem Aufprall kommt Talia al Ghul ums Leben. Sie ist jedoch der Überzeugung, dass die Bombe nicht gestoppt werden kann, da sie die Flutung des Reaktorraums gestartet hat, was eine Entschärfung unmöglich macht. Batman hängt die Bombe an sein Flugmobil und fliegt damit in die Bucht vor Gotham City hinaus, wo die Bombe schließlich detoniert und ihn scheinbar tötet. Die Welt wird im Glauben gelassen, Batman wäre bei der Explosion der Atombombe über dem offenen Meer ums Leben gekommen. Ursprünglich verfügte das Flugmobil über keinen funktionsfähigen Autopiloten, Fox findet jedoch später heraus, dass es Wayne gelungen war, die Entwicklung des Autopiloten abzuschließen.
Nach dem scheinbaren Tod von Batman, sowie dem Begräbnis und der Verkündung des Testaments von Bruce Wayne ist Butler Alfred Pennyworth in der Schlusssequenz in einem Café in Florenz zu sehen, wo er Wayne mit Selina Kyle an einem Tisch sitzen sieht. In Gotham wird Batman als Märtyrer gedacht, während Bruce Wayne für tot gehalten wird. John Blake ist darüber enttäuscht, dass Wayne nicht als der gefeiert wird, der er war. In einem Anwaltsbüro wird ihm eine Tasche aus Waynes Nachlass übergeben, in der die Koordinaten der Bathöhle verzeichnet sind. Es stellt sich heraus, dass Blakes ursprünglicher Name „Robin“ ist. Gordon stellt fest, dass das Batsignal auf dem Dach des Police Departments repariert wurde. Blake entdeckt und erkundet die Bathöhle und macht sich mit der dort befindlichen Technik vertraut.
